Wie alle Dinge, die man verwendet muss natürlich auch eine Wasserpfeife gereinigt werden, damit sie einwandfrei funktionieren kann und der volle Genuss zu Stande kommen kann. Reinigt man eine Wasserpfeife zu lange nicht, kann das auch zur Folge haben, dass sie kaputt geht. Die richtige Reinigung des Glasbehälters ist nicht besonders schwer, denn er ist meist so weit, dass man mit einem Tuch gut hinein kommt und man das ganze einfach spülen und trocknen kann. Das Rauchrohr wird mit einer schmalen Bürste und klarem Wasser gereinigt, die passenden Bürsten sind meist schon bei der Shisha dabei. Der Schlauch kann mit einem Kompressor hin und wieder durchgepustet werden, es  genügt aber auch, wenn man ihn nach jedem Gebrauch mit Wasser gründlich ausspült um die Rückstände von Rauch und Kohle vollständig zu entfernen. Der Kopf, in welchem der Tabak verbrannt wird kann ganz einfach normal abgespült werden, wenn er aus Ton ist auch mit in die Spülmaschine gesteckt werden, das gleiche gilt für das Sieb, wenn man eines verwendet. Die benutzte Alufolie kann man einfach wegwerfen, sie kann und sollte auch nicht noch einmal verwendet werden. Die richtige Reinigung der Shisha ist wichtig, wenn man lange Zeit Freude an der Pfeife haben will, denn ansonsten können sich Ablagerungen bilden, die zu Schäden führen. Wenn man die Shisha mit Wasser gereinigt hat muss man natürlich besonders bei den Teile aus Metall gut darauf achten, sie komplett zu trocknen, damit sich kein Rost bilden kann, welcher die Shisha kaputt macht und den Genuss enorm einschränkt.